Ketika Apocalypse menculik Profesor X dan Polaris, X-Men dan Brotherhood of Evil mutan bersatu untuk menyelamatkan mereka. Cyclops, Storm, dan Wolverine bertemu dengan Magneto, Mystique, dan Sabretooth di pos penjara militer di Greenland untuk membebaskan Profesor. Setelah membebaskan dia, tim pindah ke Genosha untuk bekerja melalui reruntuhan dan mencari tahu apa yang Wahyu inginkan dengan daerah. Mencari Quicksilver juga diculik, tim mempersiapkan diri untuk kembali ke X-Mansion, tetapi tiba Apocalypse pertama. Ia menanam bom, yang kurang lebih merusak X-Mansion, dan menculik monster, yang mengelola tim untuk menunjuk ke arah Savage Land.
Kerja tim jalan melalui Tanah Savage, membebaskan Binatang dan menghambat rencana Apocalypse, dan terus melawan kekuatan-nya, akan tetapi Apocalypse berhasil menaklukkan New York dan memegang kendali. Tim bekerja di sabotase pasukannya dan sumber daya, tapi Emma Frost dan Angel segera diculik juga. Angel berubah menjadi malaikat untuk bertindak sebagai Penunggang Kuda dari Kitab Wahyu, untuk membela Apocalypse's menara. Ketika tim infiltrasi itu, mereka menemukan monster juga, bekerja melawan mereka di bawah nama Dark Beast; ia menculik Sabretooth dan berhasil kabur dengan Wahyu dan Mr Sinister ke Mesir sementara menangani tim malaikat.
Tim mengetahui bahwa rencana Wahyu adalah dengan menggunakan Polaris, Quicksilver, Emma Frost, dan Sabretooth - empat mutan dengan DNA Harmonic - untuk kekuatan sebuah eksperimen untuk memberinya sejumlah besar kekuasaan. Tim kemudian ikuti dia ke Mesir untuk mengalahkannya sekali dan untuk semua, setelah mengalahkan pertama Sinister dan Dark Beast (kembali yang terakhir normal). Setelah mengalahkan penjaga terakhir, yang Hidup Monolith, tim mengambil Apocalypse dan mengalahkannya dengan mencuri kekuatan dari mesin. Di final cutscene, Magneto, dan Xavier bagian sekali lagi sebagai lawan, mencatat bahwa Apocalypse dikalahkan tetapi tidak hancur. Binatang merenungkan mengapa mesin tidak bekerja dengan baik, bertanya-tanya apakah merupakan faktor sabotase. Sebagai X-Jet terbang pergi, Sinister terlihat di atas piramida, tertawa. |
